Category: Publications
Bones in motion: Ontogeny of craniofacial development in sympatric Arctic charr morphs - accepted in Developmental dynamics
Bones in motion: Ontogeny of craniofacial development in sympatric Arctic charr morphs
Kalina H. Kapralova, Zophonías O. Jónsson, Arnar Palsson, Sigrídur Rut Franzdóttir, Soizic Le Deuff, Bjarni K. Kristjanson, Sigurður S. Snorrason.
Background: The impressive diversity in the feeding apparatus often seen among related fish species clearly reflects differences in feeding modes and habitat utilization. Such variation can also be found within species. One example of such intraspecific diversity is the Arctic charr in Lake Thingvallavatn, where four distinct morphs coexist: two limnetic with evenly protruding jaws and two benthic with subterminal lower jaws. We used these recently evolved morphs to study the role of ontogenetic variation for craniofacial diversity. Continue reading 'Bones in motion: Ontogeny of craniofacial development in sympatric Arctic charr morphs - accepted in Developmental dynamics'»
The developmental transcriptome of contrasting Arctic charr (Salvelinus alpinus) morphs - sent to F1000research
Lets hope we are lucky third time around. Now we send this little baby to F1000research. The developmental transcriptome of contrasting Arctic charr (Salvelinus alpinus) morphs Johannes Gudbrandsson*, Ehsan P. Ahi, Sigridur R. Franzdottir, Kalina. H. Kapralova, Bjarni K. Kristjansson#, S. Sophie Steinhaeuser, Isak M. Johannesson, Valerie H. Maier, Sigurdur S. Snorrason, Zophonias O. Jonsson, and Arnar Palsson* Institute of Life and Environmental Sciences, University of Iceland, 101 Reykjavik, Iceland #Holar University College, 551 Saudarkrokur, Iceland *Corresponding authors.
Submitted to Plos One: The developmental transcriptome of contrasting Arctic charr (Salvelinus alpinus) morphs
We just sent this manuscript to PLoS One, after G3 decided they did not like it. (Main sticking point is that they wanted de novo assembly - but we argued it was not a good idea with the 36bp non paired end reads) At any rate, I like PLoS One, and would like to publish one paper there a year...
Tilviljun og tilgangur í lífi og eilífð: Um Tilviljun og nauðsyn eftir Jacques Monod
Greinarkorn okkar Tilviljun og tilgangur í lífi og eilífð: Um Tilviljun og nauðsyn eftir Jacques Monod kom út í Hug ( 26. Árg, 2014 Bls. 233–246)
Þekking á hvaða náttúrulögmálum gæti hjálpað okkur að skilja eðli og eiginleika mannsins sem tegundar? Eru það sömu lögmál og móta aðrar lífverur og vistkerfi jarðar? Hafa örlög okkar verið ákveðin eða veltur velferð okkar á tilviljun einni? Eru eiginleikar okkar og hegðan mótuð af erfðum, umhverfi eða tilviljun? Spurningar af þessu tagi brenna á fólki í dag, rétt eins og fyrir 2.500 og jafnvel 25.000 árum. Vísindin gera okkur kleift að varpa ljósi á svona spurningar, og þannig bæði á eiginleika manna og krafta náttúrunnar. Erfðafræðin getur t.d. metið áhrif erfða, umhverfis og tilviljunar á eiginleika lífvera, og hefur sýnt fram á flókið samspil allra þessara þátta. Hún sýnir líka að áhrif erfða eru missterk á ólíka þætti, frjósemi hefur lágt arfgengi en fingraför erfast auðveldlega.
Í þessari grein verður fjallað um stórar spurningar um vísindi og tilgang lífsins í ljósi bókar Jacques Lucien Monod (1910–1976) Tilviljun og nauðsyn, rit um náttúrulega heimspeki nútímalíffræði. Hún kom út árið 1969 í Frakklandi, en hérlendis haustið 2012 í ljómandi góðri þýðingu Guðmundar Eggertssonar. Í henni fjallar Monod um eðli lífsins, nýjar uppgötvanir í sameindalíffræði og hlutverk vísinda í samfélaginu. Tilviljun og nauðsyn er stórmerkilegt verk fyrir fólk með áhuga á lífi, heimspeki og stórum spurningum. En hvað felur hin nýja sameindakenning í sér fyrir líffræði og veröld manna?
Monod og hin smásæja veröld
Veröld smásærra lífvera og innviðir frumunnar vöfðust fyrir náttúrufræðingum nítjándu aldar og héldu margir þeirra að sjálfstæður lífskraftur, óháður lögmálum efna- og eðlisfræði, byggi í öllum lífverum eða að líf kviknaði af sjálfu sér. Tilraunir Louis Pasteur (1822–1895) og nokkura annarra brautryðjenda örverufræðinnar sýndu að líf væri komið af lífi og kváðu þar með niður hugmyndir um sjálfskviknun lífs. Jafnvel örsmáir gerlar fjölga sér með skiptingum, af einum gerli spretta tveir og svo koll af kolli. Þannig mjakaðist líffræðin smám saman undan oki gamalla hugmynda. Það gerðist meðal annars með innleiðslu tilraunavísinda og aðferða efna- og eðlisfræðinnar, en sú þróun hófst um aldarmótin 1900. Ýmsar fræðigreinar, þ. á m. örverufræðin, lífefnafræðin og erfðafræðin, lögðu síðan grunninn að sameindakenningunni í líffræði, sem oft er miðuð við uppgötvun James Watson (f. 1928) og Francis Crick (1916–2004) á byggingu erfðaefnisins árið 1953. Hin nýju fræði gjörbreyttu í kjölfarið líffræði, læknisfræði og skyldum greinum.
Saga Monods er að vissu leyti saga þessarar byltingar.
(English) Grein um Agnar Ingólfsson, fyrsta formann Líffræðifélagsins
Náttúrufræðingurinn hefur verið gefinn út í 85 ár. Í blaðinu er greinar um íslenska og útlenda náttúru, bæði yfirlitsgreinar og greinar um frumrannsóknir.
Nýjasta heftið (3. og 4. árið 2014) er á leiðinni í pósti. Það er helgað Agnari Ingólfssyni vistfræðingi sem lést haustið 2013. Í heftinu eru nokkrar forvitnilegar greinar um vistfræðileg efni, sem tengjast rannsóknum og hugðarefnum Agnar sérstaklega.
Arnþór Garðarsson, Þorkell Helgason og Jörundur Svavarsson áttu frumkvæði að heftinu og kynna Agnar og störf hans í mjög vandaðari yfirlitsgrein.
Arnþór fékk mig til að skrifa um stofnun Líffræðifélags Íslands, en Agnar var einn af forvígismönnum stofnunar félagsins og burðarásum þess (sem fyrsti formaðurinn).
Greinin heitir, Stofnun Líffræðifélags Íslands og fyrsti formaðurinn
Líffræðifélag Íslands var stofnað í desember 1979. Hinn 9. og 10. þess mánaðar hélt Líffræðistofnun háskólans ráðstefnu um íslenskar líffræðirannsóknir og var stofnun félagsins eitt af markmiðum fundarins. Agnar Ingólfsson tók mikinn þátt í skipulagi ráðstefnunnar og var kjörinn formaður félagsins. Hann tók að sér útgáfu fréttabréfs félagsins og ásamt öðrum stjórnarmönnum mótaði hann starfið fyrstu árin. Stofnun félagsins átti sér margar rætur. Ein ástæðan er sú að haustið 1968 var fyrsta sinn í boði sérstök námsbraut í líffræði við Háskóla Íslands og útskrifaðist fyrsti árgangurinn 1972. Mikill kraftur var í líffræðikennurunum við HÍ og ekki síst í Agnari. Hann lauk doktorsprófi frá háskólanum í Michigan, Ann Arbor, Bandaríkjunum, árið 1967. Frá árinu 1970 starfaði hann við háskólann, fyrst sem dósent en frá 1973 sem prófessor í vistfræði. Þegar líffræðinámið var skipulagt var yfirlýst markmið þess að bæta úr skorti á náttúrufræðikennurum, en kennararnir lögðu mikla áherslu á að námið nýttist einnig efnilegum vísindamönnum. Flestir kennaranna voru virkir í rannsóknum, bæði fræðilegum og hagnýtum. Hin nýja líffræðiskor útskrifaði að meðaltali 25 líffræðinga á ári og fór um helmingur þeirra í framhaldsnám ytra. Það er mun hærra hlutfall en nú. Margir nýlærðir líffræðingar fluttust heim undir lok áttunda áratugarins og tóku til starfa. Hérlendis voru heilmiklar rannsóknir á sviði líffræði á þessum árum og ber þar helst að nefna marga góða sérfræðinga á Rannsóknastöð Háskólans í meinafræði að Keldum, Hafrannsóknarstofnun, Náttúrufræðistofnun Íslands og Rannsóknarstofnun landbúnaðarins. Breiddin og blanda eldri og nýútskrifaðra líffræðinga endurspeglast í starfi félagsins og samsetningu stjórnar fyrstu árin.
Stofnun Líffræðifélags Íslands í desember 1979
„Líffræðifélag Íslands var stofnað á ráðstefnu, sem haldin var á vegum Líffræðistofnunar Háskólans að Hótel Loftleiðum hinn 9. desember 1979.“ Á þessum orðum hófst fyrsta tölublað fréttabréfs Líffræðifélagsins, sem út kom í janúar 1980. Þriggja manna stjórn var skipuð Agnari Ingólfssyni, formanni, Sigríði Guðmundsdóttur, Rannsóknarstofu Háskólans í veirufræði, ritara, og Stefáni Aðalsteinssyni, Rannsóknarstofnun landbúnaðarins (gjaldkera). Varamenn voru Árni Einarsson, Náttúrufræðistofnun Íslands og Hákon Aðalsteinsson, Orkustofnun. Samkvæmt fréttabréfinu voru stofnfélagar 101. Heimildarmenn mínir segja að það hafi strax verið ákveðið að enginn greinarmunur væri gerður á stofnfélögum og félögum sem seinna bættust í hópinn. Þetta var að áeggjan Agnars sem vildi hafa Líffræðifélagið opið og aðgengilegt fræðingum og áhugafólki. Frægt er að hann hafnaði boði um inngöngu í Vísindafélag Íslendinga á grundvelli þessarar hugsjónar, en á þeim tíma gátu bara þeir gengið í Vísindafélagið sem fengu formlegt boð og meðmæli félagsmanna.
Greinina í heild sinni má lesa í Náttúrufræðingnum, og á vef Líffræðifélags Íslands seinna í vor.