Með því að skoða erfðamengi kórónaveirunnar sem veldur COVID-19 í fólki er hægt að varpa ljósi á uppruna hennar.^[1] Sýkingin var fyrst greind í Wuhan-borg í Kína í desember 2019 en nú er vitað að veiran var farin að sýkja einstaklinga í borginni um miðjan nóvember. Í grein sem birtist í lok janúar 2020 reyna kínverskir vísindamenn að svara spurningunni um hvaðan veiran hafi komið. Þeir tóku sýni úr lungnavökva níu sýktra einstaklinga og notuðu einnig einangraðar veirur og framkvæmdu svonefnda heilraðgreiningu á erfðaefni úr sýnunum. Síðan voru lífupplýsingafræðilegar aðferðir notaðar til að raða saman bútum í tölvu og áætla þannig erfðamengi veiranna. Veiran reyndist hafa 29.903 basapara langt einsþátta RNA-erfðamengi. Allir einstaklingarnir voru sýktir af sömu gerð veirunnar sem sést á því að raðirnar eru 99,9% eins. Aðeins örfá frávik voru í erfðamenginu milli sýna. Með því að raða erfðamengjum veiranna og bera saman við aðrar kórónaveirur er hægt að meta skyldleika þeirra og setja fram tilgátur um uppruna COVID-19 veirunnar. Tegundir með sameiginlegan uppruna eru líkari í byggingu eða erfðasamsetningu en fjarskyldari tegundir. Það gerir mögulegt að meta þróunartré tegunda og einnig veira. Erfðagögnum úr sjúklingunum níu og nokkrum tugum annarra kórónaveira var raðað saman og þróunartré metið.

Þróunarskyldleiki COVID-19 (SARS-CoV-2) er mestur við raðir veira sem fundist hafa í leðurblökum. SARS-veiran (SARS-CoV) sem geisaði 2002/2003 er af öðrum meiði. Bygging erfðamengja veiranna er áþekk, nema meðal gena sem eru á 3’-enda litningsins. Myndin er fengin úr grein Xiaowei Li og félaga (2020).

Þróunartréð sýnir að COVID-19 veirurnar eru skyldastar veirum sem fundist hafa í leðurblökum. Raðirnar úr COVID-19 einstaklingunum eru 96,3% eins og leðurblökuveira sem kallast á fræðimáli BatCoV-RaTG13. Það staðfestir grun veirufræðinga um að veirurnar hafi stokkið á milli hýsla. Slíkt er þekkt, til að mynda bárust HIV- og zíkaveirurnar úr öðrum tegundum yfir í menn. Á síðustu tveimur áratugum hafa tvær kórónaveirur stokkið yfir í menn, SARS-CoV og MERS-CoV. Líklega gerðist það vegna dráps og neyslu á villtum dýrum. Gögnin sýna skýrt að nýja veiran hefur aðra erfðasamsetningu en bæði SARS og MERS og það staðfestir að um nýja sýkingu er að ræða. Í þessu samhengi er full ástæða til að minna á að sú árátta fólks að drepa og éta villt dýr er kveikjan að COVID-19 farsóttinni. Neysla kjöts af húsdýrum hefur ekki sömu hættu í för með sér, enda sóttvarnir yfirleitt góðar í landbúnaði. Ef fólk hefði hlustað á málflutning veirufræðinga og náttúruverndarsinna sem hafa bent á hættuna af slíkri iðju, væri mannkynið ekki í þessari stöðu.

Hér er sýnd röð genanna í þremur veirum, SARS, MERS og COVID-19 (SARS-CoV-2). Greina má mun á genasamsetningu milli veirugerðanna. Myndin er fengin úr grein Xiaowei Li og félaga (2020).

Þó að COVID-19 veiran sé skyldust veirum sem finnast í leðurblökum er ekki víst að um beint smit milli þessara tegunda sé að ræða. Mögulegt er að veirurnar hafi borist í menn úr enn annarri tegund. Þeirri spurningu verður hins vegar ekki svarað fyrr en búið er að kanna veirusýkingar í fleiri villtum tegundum. Frá því að fyrstu erfðaupplýsingar um veiruna urðu aðgengilegar hafa vísindamenn unnið hörðum höndum að því að þróa nýjar aðferðir til að greina hana og meta erfðamengi veira í sýktum einstaklingum. Hið síðara nýtist sérstaklega til að rekja smitleiðir og framvindu faraldursins.

Samantekt.

• COVID-19 veiran barst úr annarri tegund yfir í menn.
• Líklega gerðist það vegna neyslu á kjöti af villtum dýrum.
• COVID-19 hefur aðra erfðasamsetningu en SARS- og MERS-veirurnar.
• Greina má erfðamengi veiranna til að meta skyldleika þeirra við aðrar tegundir, og rekja smitleiðir meðal manna.

Tilvísun:

1. ^ Fræðiheiti veirunnar er SARS-CoV-2 og sjúkdómurinn sem hún veldur heitir COVID-19. Í upplýsingagjöf Alþjóðaheilbrigðismálastofnunarinnar til almennings er yfirleitt notað orðalagið „veiran sem veldur COVID-19“ eða „COVID-19 veiran“. Sjá hér: Naming the coronavirus disease (COVID-19) and the virus that causes it. (Sótt 16.03.2020).

Heimild og myndir:

• Molecular immune pathogenesis and diagnosis of COVID-19 - ScienceDirect. (Sótt 16.03.2020).

Upprunalega spurningin var: Hvaðan byrjaði kórónaveiran?