Minningarorð Sigríður H. Þorbjarnardóttir

Arnar Pálsson, 07/01/2016

Sigríður Helga Þorbjarnardóttir sérfræðingur og umsjónarmaður meistaraverkefnis míns lést 15. nóvember 2015. Hún fæddist 13. maí 1948. Hér fylgir minningargrein okkar um Sigríði, sem er sárt og innilega saknað.

Við minnumst Sigríðar Helgu Þorbjarnardóttur með hlýju og þakklæti. Hún var dásamleg kona og fjölhæf með eindæmum, göngugarpur og ferðafrömuður, hafði náðargáfu fyrir sameindalíffræði, kennari af guðs náð og farsæll formaður Líffræðifélags Íslands. Margir voru þeirrar gæfu aðnjótandi að ganga með Siggu á vegum Ferðafélagsins eða í öðrum ferðum um nágrenni Reykjavíkur. Ferðir sameindahópsins t.d. á Keili og Reynivallaháls eru okkur sérstaklega minnistæðar.

Í samstarfi við Guðmund Eggertsson stundaði hún merkar rannsóknir og kenndi verklegar æfingar í erfðafræði og sameindaerfðafræði. Minningin um Siggu með bakteríuskálar á lofti í kennslustofunni lifir með flestum líffræðingum sem útskrifuðust frá Háskóla Íslands eftir 1980. Hennar einstaka og ljúfa persóna hafði jákvæð áhrif á nemendur og gerði þungar lexíur auðveldari viðfangs. Seinna fékk ég að kenna með Sigríði. Til að undirbúa verklega tíma í erfðafræði fórum við saman í fjöru að sækja þang – til að rækta þangflugulirfur – og espuðum lauk til spírunar. Verklegu tímarnir voru hennar heimavöllur. Hún þekkti efnið inn og út og miðlaði til nemendanna af alúð og nærgætni.

Það voru sérstök forréttindi að kenna með Siggu og fá að stunda rannsóknir undir hennar leiðsögn. Sigga var nærgætinn og mildur leiðbeinandi, í raun frekar samstarfsmaður en yfirmaður. Hún kenndi framhaldsnemum fræði og aðferðir, og það sem mikilvægara er, hvernig yfirstíga má vandamál sem upp koma í flóknum tilraunum. Undir hennar verndarvæng fengu nemar að þroskast og finna sína fjöl. Hún var yfirvegaður og grandvar vísindamaður, laus við stærilæti eða yfirgang. Lagni hennar með gen og frumur var annáluð, í hennar höndum fengust bakteríur til stórkostlegra verka.

Sigríður var formaður Líffræðifélags Íslands 1988 til 1991, og var starfið í miklum blóma á þeim árum. Hún var vel metin í samfélagi íslenskra líffræðinga og góð fyrirmynd um hvernig brúa má víddir líffræðinnar, sem sameindalíffræðingur með brennandi náttúruást eða náttúruunnandi sem rannsakaði leyndardóma genanna.

Það er synd að Sigga skuli ekki fá að njóta fjölskyldu sinnar, vina og starfs lengur en skyldi. Ég, sem nemi, samstarfsmaður og vinur, sakna hennar sárt.

Sem vinur og fyrir hönd Líffræðifélags Íslands votta ég aðstandendum og vinum hennar samhug og virðingu.

Arnar Pálsson, dósent og formaður Líffræðifélags Íslands.

Leyndardómar gena, baktería og uppruna lífs - ritrýni í Náttúrufræðingnum

Arnar Pálsson, 16/12/2015

Við rituðum stutta rýni um nýlega bók Guðmundar Eggertssonar, Ráðgáta lífsins, sem Bjartur gaf út 2014. Greinarstúfurinn kom út í Náttúrufræðingnum og hefst svo.

Leyndardómar gena, baktería og uppruna lífs

Rannsóknir á erfðum, frumum og lífefnum gátu af sér sameindaerfðafræðina á fyrstu áratugum síðustu aldar. Á þeim árum nam Guðmundur Eggertsson í Kaupmannahöfn og kynntist rannsóknum sem lögðu grunninn að sameindaerfðafræðinni. Rannsóknir Guðmundar snerust um gen baktería og kerfin sem þýða erfðatáknmálið, og síðar um erfðir hitakærra baktería. Í nýlegu ritgerðasafni, Ráðgáta lífsins, fjallar Guðmundur um nokkur lykilatriði sameindaerfðafræðinnar og tilgátur og rannsóknir á uppruna lífsins.

Continue reading 'Leyndardómar gena, baktería og uppruna lífs - ritrýni í Náttúrufræðingnum'»

(English) IceBio 2015

Arnar Pálsson, 23/11/2015

Sorry this part has not been translated

(English) Published: Differential expression of the aryl hydrocarbon receptor pathway associates with craniofacial polymorphism in sympatric Arctic charr

Arnar Pálsson, 28/09/2015

Sorry this part has not been translated

Minning um taugalíffræðingin Oliver Sacks

Arnar Pálsson, 28/09/2015

Undir lok ágústmánaðar lést taugalíffræðingurinn Oliver Sacks.

Við rituðum stutta minningargrein og kynningu á honum á blogginu - Oliver Sacks taugalíffræðingur og sagnamaður er fallinn frá.

Í kjölfarið bauð Þorgerður E. Sigurðardóttir í Víðsjá okkur til viðtals, sem hún nýtti í þátt um bækur hans, sjúklinga og líf.

---------

Víðsjá - Oliver SacksVíðsjá dagsins verður helguð breska taugafræðingnum og rithöfundinum Oliver Sacks sem féll frá 30. ágúst síðastliðinn. Í þættinum verður rætt um æviferil, rannsóknir og vísindamiðlun Sacks en bækur hans um mannsheilann hafa vakið mikla athygli og verið umskrifaðar bæði fyrir kvikmyndir og leikhús. Viðmælendur í þættinum eru Magnús Karl Magnússon læknir og deildarforseti læknadeildar Háskóla Íslands, Gunnþórunn Guðmundsdóttir bókmenntafræðingur og Arnar Pálsson erfðafræðingur. Í þættinum heyrast lestrar Illuga Jökulssonar úr skrifum Sacks sem að hljómuðu í þættinum Frjálsar hendur árið 1988. Tónlistin í þættinum er úr óperunni The man who mistook his wife for a hat eftir Michael Nyman og Vel stillta hljómborðinu eftir Johann Sebastian Bach.

--------

Þorgerður sagði mér reyndar að það væri ótrúlega lítið til í safni útvarpsins um verk Sacks og skrif. Það er ansi merkilegt því hann er tvímælalaust merkur fræðari, og bækur hans hafa fengist í bókabúðum hérlendis um áratugabil. Reyndar er það þannig að bækur hans finnast í vísindahillum allra betri bókabúða erlendis.

Ég mæli eindregið með umfjöllun Víðsjár, og sérstaklega því að þú farir út í bókabúð (eða á bókanetverslun) og náir í bók eftir Sacks.

http://www.oliversacks.com/

(English) Accepted: Differential expression of the Aryl hydrocarbon receptor pathway associates with craniofacial polymorphism in sympatric Arctic charr

Arnar Pálsson, 05/09/2015

Sorry this part has not been translated

(English) Mitf is a master regulator of the v-ATPase, forming a control module for cellular homeostasis with v-ATPase and TORC1.

Arnar Pálsson, 05/08/2015

Sorry this part has not been translated

Post doc available: The role of transcriptional and regulatory changes during compensatory evolution

Arnar Pálsson, 02/07/2015

Which principles influence the rewiring and tuning of gene regulatory networks? How do those network react to genetic perturbations? We are seeking a post-doc to tackle those and related questions in project utilizing populations of Drosophila (fruit flies) that have undergone compensatory adaptation using experimental evolution and artificial selection. The project involves the analysis of tissue specific RNA-seq and numerical analyses. The ideal candidate is strong in evolutionary genetics, statistical and bioinformatic analyses and with capable hands for molecular biology. Excellent communication skills, main focus on writing, are required, as is a solid publication record. The candidate will be encouraged (and given time) to develop their own research program.

This project is built on hypothesis that sprung out of work on indel polymorphism in the even skipped stripes 3+7 enhancer.

Continue reading 'Post doc available: The role of transcriptional and regulatory changes during compensatory evolution'»

Bones in motion: Ontogeny of craniofacial development in sympatric Arctic charr morphs - accepted in Developmental dynamics

Arnar Pálsson, 08/06/2015

Bones in motion: Ontogeny of craniofacial development in sympatric Arctic charr morphs

Kalina H. Kapralova, Zophonías O. Jónsson, Arnar Palsson, Sigrídur Rut Franzdóttir, Soizic Le Deuff, Bjarni K. Kristjanson, Sigurður S. Snorrason.

Background: The impressive diversity in the feeding apparatus often seen among related fish species clearly reflects differences in feeding modes and habitat utilization. Such variation can also be found within species. One example of such intraspecific diversity is the Arctic charr in Lake Thingvallavatn, where four distinct morphs coexist: two limnetic with evenly protruding jaws and two benthic with subterminal lower jaws. We used these recently evolved morphs to study the role of ontogenetic variation for craniofacial diversity. Continue reading 'Bones in motion: Ontogeny of craniofacial development in sympatric Arctic charr morphs - accepted in Developmental dynamics'»

Hvað þýðir það að erfðavísar séu ónýtir og hafa þeir áhrif á svipfar?

Arnar Pálsson, 13/05/2015

Hvað þýðir það að erfðavísar séu ónýtir og hafa þeir áhrif á svipfar? Gen (erfðavísar) eru mikilvægasti hluti erfðaefnisins. Erfðaefnið DNA eru tvíþátta þræðir sem mynda litningana. Við manneskjurnar fáum eitt sett af litningum frá móður og eitt sett frá föður. Því höfum við tvö heil eintök af flestum okkar genum - eitt frá hvoru foreldri. Það er kallað að vera tvílitna. Algengast er að dýr séu tvílitna en bakteríur eru flestar einlitna. Continue reading 'Hvað þýðir það að erfðavísar séu ónýtir og hafa þeir áhrif á svipfar?'»