(English) Revised: The developmental transcriptome of contrasting Arctic charr (Salvelinus alpinus) morphs

Arnar Pálsson, 27/04/2016

Sorry this part has not been translated

Leyndardómar gena, baktería og uppruna lífs

Arnar Pálsson, 22/04/2016

Leyndardómar gena, baktería og uppruna lífs

Um Ráðgátu lífsins.

Birtist í náttúrufræðingnum 2015.

Rannsóknir á erfðum, frumum og lífefnum gátu af sér sameindaerfðafræðina á fyrstu áratugum síðustu aldar. Á þeim tíma var Guðmundur Eggertsson við nám í Kaupmannahöfn og kynntist rannsóknum sem lögðu grunninn að sameindaerfðafræðinni. Rannsóknir Guðmundar snerust um gen baktería og kerfin sem þýða erfðatáknmálið, og síðar um erfðir hitakærra baktería. Í nýlegu ritgerðasafni, Ráðgáta lífsins, fjallar Guðmundur um nokkur lykilatriði sameindaerfðafræðinnar og tilgátur og rannsóknir á uppruna lífsins. Bókin er tvískipt. Í fyrstu fjórum þáttunum rekur Guðmundur sögu erfðafræðinnar, kynnir hugmyndir um genið, segir frá erfðum baktería og veira þeirra og útskýrir loks líkanið um byggingu erfðaefnisins DNA. Síðan eru hugmyndir og tilraunir tengdar uppruna lífsins raktar í þremur þáttum. Umræðan um uppruna lífs sprettur náttúrulega úr sameindaerfðafræðinni og er samofin grunnatriðum hennar, enda þurfa tilgáturnar að skýra tilurð gena, prótína og kerfa frumunnar. Í lokin dregur Guðmundur efnið saman og tekst á við ráðgátur lífsins.

Leyndardómar gena og sameindaerfðafræði

Rétt eins og erfðaefnið er byggt upp af tveimur samofnum þáttum eru rætur sameindaerfðafræði aðskildar en samtvinnaðar, úr örverufræði, erfðafræði, lífefnafræði og tilraunalíffræði. Viðfangsefni sameindaerfðafræði eru fjölbreytt. Hún ber upp spurningar á borð við: Hvernig virkar fruman, hvað er gen, hvernig hafa gen og breytingar í þeim áhrif á svipfar, hvernig verða stökkbreytingar, og hví hafa ólíkar breytingar í geni missterk áhrif? Vísindamenn með bakgrunn í ólíkum fræðum, jafnvel eðlisfræðingar og læknar, tókust á við stórar spurningar og hjálpuðust að við að svara þeim. Framfarir í rannsóknum á byggingu gensins urðu fyrir tilstuðlan vísindamanna á sviði bakteríuerfðafræði, en þegar þá rak í strand nýttust niðurstöður fengnar með öðrum aðferðum, svo sem lífefnafræði. Guðmundur lýsir þessu í samantekt kaflans um bakteríuveirur.

Það er líka ástæða til að benda á að margar af tilraunum bakteríuveiruskólans voru með sérstökum glæsibrag. Flestar snertu þær erfðir veiranna. Lífefnafræðin var lengi vel sniðgengin en þrátt fyrir það fengust skýrar niðurstöður sem hlutu þegar fram liðu stundir að höfða til lífefnafræðinga og beinlínis kalla á afskipti þeirra. Þannig urðu rannsóknir á hinum örsmáu bakteríuveirum einn helsti hvati þess samruna erfðafræðilegra og lífefnafræðilegra rannsókna sem gengið hafa undir nafninu sameindalíffræði. (68)

Í fyrsta kafla bókarinnar er kynnt genið og eðli erfða. Hvernig flytjast eiginleikar frá foreldrum til afkvæma? Hvers vegna eru afkvæmi stundum stærri eða rauðhærðari en foreldrarnir? Tilraunir Gregors Mendels (1822–1884) og fyrstu erfðafræðinganna sýndu að einhverjar eindir fluttust frá foreldrum til afkvæma. En úr hverju voru erfðaeindirnar sem Wilhelm Johannsen (1857–1927) kallaði gen? Það reyndist erfitt að finna byggingarefni gensins og enn í dag er erfitt að rannsaka virkni þeirra. Í öðrum og þriðja kafla bókarinnar rekur Guðmundur sögu rannsókna á erfðum baktería og veira þeirra. Grundvallarlögmál erfða afhjúpuðust með rannsóknum á plöntum og dýrum. Fyrstu erfðafræðingarnir efuðust um að bakteríur lytu þeim lögmálum, eða töldu að erfðir þeirra væru annarskonar en stærri lífvera. „Bakteríur voru lengi utangarðs í erfðafræðinni,“ segir Guðmundur (35). Þær efasemdir voru rækilega afsannaðar. Smásæir sveppir og bakteríur reyndust hin heppilegustu tilraunadýr, uxu hratt, voru sparneytin, þoldu frystingu og mátti hreinrækta. Með þynningum og strikunum var hægt að einangra staka stofna, sem ræktuðust af einni einustu bakteríu – af því að bakteríur vaxa kynlaust. Einnig fundust frávik, stofnar örvera sem sýndu sérstök einkenni. Þrátt fyrir kynlausar tilhneigingar baktería reyndust þær heppilegar fyrir erfðafræðilegar rannsóknir. Mögulegt var að blanda saman stofnum og finna blendinga. Miklu máli skiptir að bakteríur má rækta í gríðarlegu magni. Guðmundur rekur frábærlega hvernig „kynlíf“ baktería og veira afhjúpaði lykilatriði erfðafræðinnar. Eins og áður sagði náðu erfðafræðingar og lífefnafræðingar ekki saman í upphafi. „Það var varla fyrr en með tilraunum Beadles og Tatums að þær tóku að nálgast hvor aðra,“ segir Guðmundur (33). George W. Beadle (1903–1989) og Edward L. Tatum (1909–1975) gerðu merkar tilraunir á bleika brauðsveppnum (Neurospora crassa). „Þeir félagar framkölluðu í Neurospora fjölda stökkbreytinga sem hindruðu lífefnafræðileg ferli og skilgreindu áhrif þeirra með lífefnafræðilegum og erfðafræðilegum aðferðum“ (33). Hreinræktaðar lífefnafræðilegar tilraunir voru einnig stundaðar. Hluti frumu eða veiru var einangraður, og virknin könnuð. Lífefnafræðilegar aðferðir virka vel fyrir stöðugar stórsameindir en síður fyrir óstöðugar afurðir eða prótín sem lífverur framleiða í litlu magni eða við sérstakar aðstæður.

Í líffræði sem öðrum vísindum byggjast framfarir oft á því að vísindamennirnir finni heppileg kerfi. Mendel notaði ertur. Frumkvöðlar sameindaerfðafræði notuðu örverur og veirur sem sýktu þær. Guðmundur útskýrir hvers vegna bakteríuveirur reyndust svo vel til þessara rannsókna. Bakteríur fjölga sér mjög hratt, E. coli skiptir sér á u.þ.b. 25 mínútum, og veirurnar hafa einnig stuttan líftíma. Mikilvægast er að sýkja má gerla með tveimur stökkbreyttum veirustofnum og meta tíðni endurröðunar á milli gena og innan . Þannig fundust til dæmis gen sem stjórnuðu sýkihæfni veirunnar. Rannsóknir á bakteríuveirum og efnaskiptum baktería afhjúpuðu lögmál genastjórnunar. Guðmundur minnir okkur á mikilvægi gerlanna:

Til áréttingar á því hve E. coli nýttist vel til undirstöðurannsókna má nefna að á árunum 1959 til 1978 hlutu ekki færri en 10 vísindamenn Nóbelsverðlaun fyrir rannsóknir á erfðum eða efnaferlum bakteríunnar og veira hennar. En eftir 1980 þegar aðferðir líftækninnar höfðu komið til sögunnar tók áhugi manna að beinast æ meir að heilkjörnungum, að genum þeirra og þroskaferlum. Árangurinn lét ekki á sér standa. Miklar rannsóknir eru samt enn stundaðar á bakteríum þótt blómaskeið bakteríuerfðafræðinnar sé liðið. Það er vafið ævintýraljóma, ekki síst í augum þeirra sem þar voru þátttakendur. (51)

Ein helsta ráðgáta síðustu aldar var: Hvað er erfðaefnið? Í fjórða kafla bókarinnar segir frá leitinni að erfðaefninu og hvernig bygging þess var afhjúpuð. Guðmundur lýsir því hvernig tilraunir sýndu fram á efnainnihald kjarnsýrunnar DNA. Hún samanstendur af fjórum gerðum basa, sem kallast A, C, G og T. Fyrst var ályktað ranglega að basarnir væru í sömu hlutföllum og alltaf í sömu röð. Efni með slíka eiginleika gagnast ekki sem upplýsingageymsla. Lífefnafræðingurinn Erwin Chargaff (1905–2002) afsannaði þessa hugmynd og sýndi að hlutföll basanna eru ekki jöfn í öllum lífverum. Hann sýndi einnig að hlutföll A- og T-basa og C- og G-basa haldast í hendur, sem bendir til einhverra tengsla þeirra á milli. Tilraunir Alfreds Hersheys (1908–1997) og Mörthu Chase (1927–2003) bentu sterklega til þess að erfðaefnið væri DNA, en enginn vissi byggingu þess. Margir virtir vísindamenn reyndu að smíða líkan sem gæti útskýrt byggingu og eiginleika DNA. Francis Crick (1916–2004) og James Watson tóku höndum saman upp úr 1950, og með nokkrar grunnreglur að vopni, frjótt ímyndunarafl og hliðsjón af myndum Rosalindu Franklin (1920–1958) tókst þeim að ráða gátuna. DNA er þráður, myndaður úr tveimur þáttum þar sem basarnir snúa inn í miðjuna og parast (A við T og G við C). Byggingin bæði verndar upplýsingarnar og býður einfalda leið til afritunar. Þættirnir eru aðskildir og hvor um sig notaður sem forskrift að nýjum þætti.

Ráðgátan um uppruna lífsins

Svör gleðja en óleystar ráðgátur eru enn meira spennandi. Seinni hluti bókarinnar fjallar um stærstu ráðgátu líffræðinnar, uppruna lífs. Önnur öndvegisbók Guðmundar, Leitin að uppruna lífs,[1] fjallar einnig um þetta efni. Í Ráðgátunni kafar hann ýtarlegar í vissa þætti. Fyrst ræðir hann rannsóknir Louis Pasteurs (1822–1895) og samtímamanna á ráðgátu þeirra aldar: Kviknar líf af sjálfu sér? Tilgáta sem Félix A. Pouchet (1800–1872) aðhylltist var sú að líf kviknaði auðveldlega, jafnvel yfir helgi í hræi. Tilgáta Pasteurs var að líf sprytti alltaf af lífi. Eins og oft í sögu vísindanna er auðvelt að vera vitur eftir á, en umfjöllun Guðmundar er nærgætin og maður á auðvelt með að skilja óvissuna sem vísindamenn þessa tíma stóðu frammi fyrir. Þegar tekist er á við stórar spurningar er ekki endilega ljóst hvað eru staðreyndir og hvað mislukkaðar tilraunir. Því er fólki sannarlega vorkunn að eiga bágt með að greina sannindi frá bulli, jafnt vísindamönnum sem leikmönnum. Ráðgátan um kviknun lífs var leyst með snilldarlegum tilraunum fyrstu örverufræðinganna. Líf getur líf, það kviknar ekki hér og þar af sjálfu sér. Rétt eins og Darwin komst að er það þó svo að ef líf sprettur af lífi og hægt er að rekja alla til forföður, þá hljóta allir forfeðurnir að eiga forfeður. Dýpst í aldanna rás á líf á jörðinni einn sameiginlegan forföður.

Um tilraunir til að finna uppruna þessa forföður er fjallað um í sjötta þætti, „Skref á leið til lífs“. Samofin er spurningin: Hvað er líf? Hvernig skilgreinum við líf og hvaða einkenni hafa lífverur? Lífverur geta af sér aðrar lífverur og þróast. Lífverur samanstanda af stórsameindum, kolefnisfjölliðum og öðrum grunneiningum. Sumar þessara eininga finnast í dauðri náttúru eða jafnvel á loftsteinum. En hvað leiddi til þess að í samsafni dauðra efna í vatnslausn kviknaði líf? Guðmundur rekur hugmyndir manna um þessa spurningu og tilraunir sem gerðar voru til að varpa ljósi á vandann. Erfðir og þróun einkenna allar lífverur og því telja sumir að uppruni eftirmyndunar sé uppruni lífs. Aðrir segja að lífverur þurfi orku, og því hljóti uppruninn að hafa verið í efnaskiptum. Enn aðrir benda á að líf sé rammað inn í frumur og álykta að fyrstu frumuhimnurnar hafi verið lykilinn að lífinu. Guðmundur útskýrir þessar hugmyndir ágætlega, en leggur einnig áherslu á að engin leið sé að vita hvað gerðist fyrst eða hver hafi verið röð viðburðanna. Sannarlega er hægt að ímynda sér mun lausbeislaðra líf en nú þekkist, þar sem efnaskipti í losaralegri frumefnasúpu hafi loks leitt til eftirmyndandi eininga. Jafnvel má hugsa sér að þetta hafi gerst í hverum þar sem voru  heppilegir steinar eða vikurmolar með hólf fyrir einskonar frum-frumur. Ein hressilegasta tilgátan er sú að í árdaga hafi lífið verið á RNA-formi. Samkvæmt henni voru lífverur ekki með DNA fyrir erfðaefni og prótín sem framkvæmendur, heldur sinnti RNA báðum hlutverkum. RNA er sannarlega stórbrotin sameind og kannski voru slíkar sjálfeftirmyndandi RNA-sameindir lykilskref á leið til lífs (eins og við þekkjum það). Framhaldið er betur þekkt. Við vitum að fram spruttu fjölmörg kerfi frumna sem stýra eftirmyndun, framleiðslu prótína, seytingu efna o.s.frv. Jafnvel uppruni heilkjarnalífvera er þó hulinn töluverðri óvissu, og nokkrar kenningar á lofti. Það er því skiljanlegt að okkur skorti vitneskju um fyrstu skref lífsins.

Í næstsíðasta hluta bókarinnar ræðir Guðmundur hugmyndina um líf utan úr geimnum. Viðurkennt er að lífið á jörðinni sé af einum meiði. En spratt lífið fram hér eða kom það annars staðar frá? Tilgátur af þessu tagi hafa aðdráttarafl, sem stafar að einhverju leyti af því hversu brjálæðislegar þær eru. Slíkum hugleiðingum fylgir sami kitlandi æsingurinn og þegar maður stendur á brún hengiflugs. Sumum finnst mjög ólíklegt að líf verði til úr dauðum sameindum, og því líklegra að lífið hafi borist hingað með loftsteinum eða geimryki. Líf af þessu tagi hlýtur að vera einfalt, líklega einhverskonar bakteríur. Vegna ómældra vídda geimsins þyrftu þær að vera á dvalarformi, í býsna langan tíma. Í þessu samhengi sprettur fram önnur spurning. Hversu miklar líkur eru á lífi á öðrum plánetum? Guðmundur segir:

Talið er að í Vetrarbrautinni séu nokkur þúsund milljarðar sólstjarna og nýlegar rannsóknir benda til þess að reikistjörnur sem ganga umhverfis þær séu síður en svo sjaldgæfar. Frá því um miðjan 10. áratug síðustu aldar til aprílmánaðar 2014 hefur stjörnufræðingum tekist að greina um 1800 reikistjörnur í 1105 sólkerfum sem öll eru tiltölulega nálægt jörðu. (134)

Og ályktar síðan:

Telja má víst að sólkerfi sambærileg við okkar hafi getað myndast nokkrum milljörðum ára fyrr. Það er því hugsanlegt að líf hafi náð að þróast í alheimi milljörðum ára á undan lífi jarðar. Hvort það hefur borist um óravíddir geimsins til jarðar er hins vegar spurning sem enn eru engin tök á að svara. (bls. 134–135)

Í síðasta kafla bókarinnar fjallar Guðmundur um nokkrar stórar spurningar, svo sem um meðvitund. Hann segir:

Maðurinn er ein af milljónum lífverutegunda sem byggja jörðina. Hann sver sig í ætt við annað líf jarðar en hann hefur sérstöðu. Hann er eftir því sem við best vitum gæddur meðvitund og hæfileikum til hugsunar í ríkara mæli en aðrar lífverur...

[E]n hvaðan kemur okkur meðvitundin? Hvert er eðli hennar og orsök? Flestir vísindamenn munu trúa því að meðvitundin eigi sér efnislega skýringu, að hún sé á einhvern hátt sprottin af eiginleikum taugakerfisins. Þetta jafngildir í raun trú á skýringarmátt þeirrar heimsmyndar sem vísindin hafa tileinkað sér síðan á dögum Galileos. Þó höfum við enn sem komið er alls enga efnislega skýringu á því hvernig við verðum meðvituð um umhverfi okkar eða hugsun. Hvernig getur hold og blóð eins og maðurinn orðið meðvitað um sjálft sig? Vissulega höfum við flókið taugakerfi en hvernig skapar það okkur meðvitund? Hvenær í þróunarsögunni kom meðvitund fyrst fram? Varla er hægt að efast um meðvitund dýra sem eru okkur hvað skyldust, en hvað með aðrar lífverur? Er meðvitund endilega tengd taugakerfinu? (158)

Á síðustu áratugum hafa taugalíffræðingar og sálfræðingar færst nær svörum við þessum spurningum. Í þessu samhengi má einnig spyrja hversu vel við skiljum eðli lífsins. Er til að mynda líklegt að nýjar uppgötvanir kollvarpi viðteknum hugmyndum um eðli lífsins? Guðmundur spyr og ræðir:

Er skilningur okkar á lífinu orðinn það traustur að við honum verði ekki hróflað svo um muni? Þeir eru til sem halda því fram að vísindaleg þekking og skilningur sé óðum að nálgast endimörk sín, en ættum við ekki að hinkra við enn um stund áður en við föllumst á það? Vísindin eru sköpunarferli þar sem ný sjónarhorn koma stöðugt fram og gera mönnum kleift að spyrja nýrra spurninga og fá svör við þeim. Höfum líka í huga að hinar merkustu uppgötvanir hafa hingað til gjarna verið gersamlega ófyrirsjáanlegar. (262)

Mér finnst sjálfum líklegast að meginstoðir líffræðinnar séu orðnar skýrar. Sannarlega eru tiltekin svið líffræðinnar traustari en önnur, sem geyma óleystar þrautir. Spyrja má hvar mestar líkur séu á umbyltingu. Er það til dæmis í erfðafræði, frumulíffræði eða atferlisfræði? Mig grunar að skipulagsstigin sem ólík svið líffræðinnar tilheyra hafi áhrif á líkurnar á byltingu. Erfðafræðin er mitt fag og í því eru undirstöðulögmálin á hreinu, svo sem bygging DNA og litninga, aðskilnaður samsætna, óháðar erfðir litninga og endurröðun. En áhrif genanna á frumur, þroskun, lífeðlisfræði og atferli eru mun verr skilgreind. Þótt mörg grundvallaratriði séu skilgreind í atferlisfræði þykir mér líklegra að þar verði uppstokkun en í erfðafræði. Ástæðan er alls ekki að atferlisfræðin sé á einhvern hátt óæðri, heldur er hún á hærra skipulagsstigi og því háð fleiri þáttum. Atferli þarf að lúta lögmálum eðlisfræði, efnafræði, erfðafræði, frumulíffræði, þroskunar og lífeðlisfræðilegra kerfa, auk sinna eigin lögmála og auðvitað þróunar. Lögmál erfða eru tjóðruð af lögmálum eðlisfræði, efnafræði og þróunar. Sannarlega væri forvitnilegt ef þessi hugmynd væri röng. Hvort heldur er hefur Guðmundur að öllum líkindum rétt fyrir sér, líffræðingar munu hafa ærinn starfa um ókomna framtíð.

Ráðgáta lífsins er skýr og skemmtileg bók. Þar eru kynnt forvitnileg fyrirbæri, sögð athyglisverð og auðug saga og spurt stórra spurninga. Sumum hefur verið svarað en aðrar bíða enn svars. Ef til vill eftir þínu framlagi, hugmynd eða tilraun. Ég hvet fólk til að lesa bókina og ræða efni hennar við sem flesta, jafnvel í fermingarveislum eða strætó. Ráðgátur lífsins eru blessun.

Arnar Pálsson, erfðafræðingur við Háskóla Íslands.

  • [1] Guðmundur Eggertsson 2008. Leitin að uppruna lífs. Bjartur, Reykjavík. 198 bls.

(English) Post doc available: The role of transcriptional and regulatory changes during compensatory evolution

Arnar Pálsson, 18/02/2016

Sorry this part has not been translated

Kerfisbundinn launamunur fræðagreina og kynja við opinbera háskóla

Arnar Pálsson, 18/02/2016

Eftirfarandi grein eftir nokkra kennara við HÍ birtist í Fréttablaðinu 10. feb. 2016.

Kerfisbundinn launamunur fræðagreina og kynja við opinbera háskóla

Við opinbera háskóla á Íslandi er notast við svokallað vinnumatskerfi. Vinnumatskerfið byggir á talningum á einingum m.a. fjölda greina, tilvitnana, útskrifaðra nema, bóka o.s.frv. Kerfið hefur bein áhrif á launabónusa, launaflokk, framgöngu í starfi, eftirlaun, rétt á rannsóknarleyfum og flæði fjármagns til deilda. Kerfið er hálfgert aðhlátursefni á erlendri grund. Ástæðan er sú að ekki er hægt að bera saman ólíkar fræðagreinar eða einstaklinga sem takast á við ólík viðfangsefni með talningum á greinum.

Þrátt fyrir mikla gagnrýni í gegnum tíðina hafa fáar breytingar verið gerðar til bóta. Kerfið var hannað til að meta framlag í rannsóknum og launa ritvirkni, en er nú notað til að útdeila margvíslegum gæðum og peningum innan háskóla og hefur bein áhrif á laun. Nú stendur yfir úttekt á vinnumatskerfinu og jákvæðum og neikvæðum afleiðingum þess. Margir koma að þessari úttekt og sýnist sitt hverjum. Sýn manna stjórnast eðlilega nokkuð af því hve mikið viðkomandi fær í sinn hlut úr kerfinu.

Athyglisvert er að margir er koma beint að jafningjastjórnun vísindastarfs (að sjálfsögðu allt virt og virkt fræðafólk) hagnast beint eða óbeint á kerfinu og eiga því erfitt með að gagnrýna það. Einnig eru í nefndum sem eiga að meta kerfið innan frá, aðilar úr fögum þar sem birtingartíðni er há. Það er nokkuð ljóst að þessir aðilar eru vanhæfir, í skilningi stjórnsýslulaga, til að meta og móta kerfið, þar sem þeir eiga beinna og óbeinna fjárhagslegra hagsmuna að gæta. Úttektin sem nú stendur yfir er því meingölluð. Besta leiðin til að meta kerfið hlutlægt og vísindalega er utanaðkomandi mat erlends vísindafólks, án þess að byggt sé á sjálfsmati kerfisins og þeirra sem það þjónar. Við og fleiri höfum ítrekað bent á þetta.

Konur fá minna greitt en karlar
Annar athyglisverður eiginleiki vinnumatskerfisins er sá að konur fá minna greitt en karlar. Tölur úr vinnumatssjóði Félags háskólakennara sýna að það munar að meðaltali hundruðum þúsunda á ári hvað konur og karlar fá úr vinnumatskerfinu. Líklegt má telja að önnur áhrif t.d. á launaflokka og framgang í starfi séu síst minni. Ástæður gætu verið margar, t.d. aldursdreifing eða kynjahlutföll í mismunandi greinum, sem svo hafa mismunandi birtingarhefðir.
Brýnt er að greina vandlega hvað liggur að baki þessum kynjamun á greiðslum úr vinnumatskerfinu og öðrum áhrifum þess. Hvernig þessi launamismunun hefur þróast og dafnað í skjóli sérhagsmunagæslu, stéttarfélaga, háskólaráðs og vísindanefnda er verðugt rannsóknarefni í sjálfu sér. Kerfisbundinn launamunur kynja er óásættanlegur, á sama hátt og óásættanlegt er að fræðafólk sé metið eftir talningum eingöngu og það er óásættanlegt að fólk hafi áhrif á mótun stefnu sem umbunar því sjálfu, á kostnað starfsfélaga sinna.

Arnar Pálsson dósent við HÍ
Erna Magnúsdóttir rannsóknasérfræðingur við HÍ
Guðrún Valdimarsdóttir lektor við HÍ
Hákon Hrafn Sigurðsson prófessor við HÍ
Helga Ögmundsdóttir prófessor við HÍ
Jórunn E. Eyfjörð prófessor við HÍ
Ólafur S. Andrésson prófessor við HÍ
Pétur Henry Petersen dósent við HÍ
Sigríður Rut Fransdóttir lektor við HÍ
Stefán Þ. Sigurðsson dósent við HÍ
Zophonías O. Jónsson prófessor við HÍ
Þór Eysteinsson prófessor við HÍ

(English) Examining Ari Jon Arasons thesis on bronchial stem cells

Arnar Pálsson, 31/01/2016

Sorry this part has not been translated

Minningarorð Sigríður H. Þorbjarnardóttir

Arnar Pálsson, 07/01/2016

Sigríður Helga Þorbjarnardóttir sérfræðingur og umsjónarmaður meistaraverkefnis míns lést 15. nóvember 2015. Hún fæddist 13. maí 1948. Hér fylgir minningargrein okkar um Sigríði, sem er sárt og innilega saknað.

Við minnumst Sigríðar Helgu Þorbjarnardóttur með hlýju og þakklæti. Hún var dásamleg kona og fjölhæf með eindæmum, göngugarpur og ferðafrömuður, hafði náðargáfu fyrir sameindalíffræði, kennari af guðs náð og farsæll formaður Líffræðifélags Íslands. Margir voru þeirrar gæfu aðnjótandi að ganga með Siggu á vegum Ferðafélagsins eða í öðrum ferðum um nágrenni Reykjavíkur. Ferðir sameindahópsins t.d. á Keili og Reynivallaháls eru okkur sérstaklega minnistæðar.

Í samstarfi við Guðmund Eggertsson stundaði hún merkar rannsóknir og kenndi verklegar æfingar í erfðafræði og sameindaerfðafræði. Minningin um Siggu með bakteríuskálar á lofti í kennslustofunni lifir með flestum líffræðingum sem útskrifuðust frá Háskóla Íslands eftir 1980. Hennar einstaka og ljúfa persóna hafði jákvæð áhrif á nemendur og gerði þungar lexíur auðveldari viðfangs. Seinna fékk ég að kenna með Sigríði. Til að undirbúa verklega tíma í erfðafræði fórum við saman í fjöru að sækja þang – til að rækta þangflugulirfur – og espuðum lauk til spírunar. Verklegu tímarnir voru hennar heimavöllur. Hún þekkti efnið inn og út og miðlaði til nemendanna af alúð og nærgætni.

Það voru sérstök forréttindi að kenna með Siggu og fá að stunda rannsóknir undir hennar leiðsögn. Sigga var nærgætinn og mildur leiðbeinandi, í raun frekar samstarfsmaður en yfirmaður. Hún kenndi framhaldsnemum fræði og aðferðir, og það sem mikilvægara er, hvernig yfirstíga má vandamál sem upp koma í flóknum tilraunum. Undir hennar verndarvæng fengu nemar að þroskast og finna sína fjöl. Hún var yfirvegaður og grandvar vísindamaður, laus við stærilæti eða yfirgang. Lagni hennar með gen og frumur var annáluð, í hennar höndum fengust bakteríur til stórkostlegra verka.

Sigríður var formaður Líffræðifélags Íslands 1988 til 1991, og var starfið í miklum blóma á þeim árum. Hún var vel metin í samfélagi íslenskra líffræðinga og góð fyrirmynd um hvernig brúa má víddir líffræðinnar, sem sameindalíffræðingur með brennandi náttúruást eða náttúruunnandi sem rannsakaði leyndardóma genanna.

Það er synd að Sigga skuli ekki fá að njóta fjölskyldu sinnar, vina og starfs lengur en skyldi. Ég, sem nemi, samstarfsmaður og vinur, sakna hennar sárt.

Sem vinur og fyrir hönd Líffræðifélags Íslands votta ég aðstandendum og vinum hennar samhug og virðingu.

Arnar Pálsson, dósent og formaður Líffræðifélags Íslands.

Leyndardómar gena, baktería og uppruna lífs - ritrýni í Náttúrufræðingnum

Arnar Pálsson, 16/12/2015

Við rituðum stutta rýni um nýlega bók Guðmundar Eggertssonar, Ráðgáta lífsins, sem Bjartur gaf út 2014. Greinarstúfurinn kom út í Náttúrufræðingnum og hefst svo.

Leyndardómar gena, baktería og uppruna lífs

Rannsóknir á erfðum, frumum og lífefnum gátu af sér sameindaerfðafræðina á fyrstu áratugum síðustu aldar. Á þeim árum nam Guðmundur Eggertsson í Kaupmannahöfn og kynntist rannsóknum sem lögðu grunninn að sameindaerfðafræðinni. Rannsóknir Guðmundar snerust um gen baktería og kerfin sem þýða erfðatáknmálið, og síðar um erfðir hitakærra baktería. Í nýlegu ritgerðasafni, Ráðgáta lífsins, fjallar Guðmundur um nokkur lykilatriði sameindaerfðafræðinnar og tilgátur og rannsóknir á uppruna lífsins.

Continue reading 'Leyndardómar gena, baktería og uppruna lífs - ritrýni í Náttúrufræðingnum'»

(English) IceBio 2015

Arnar Pálsson, 23/11/2015

Sorry this part has not been translated

(English) Published: Differential expression of the aryl hydrocarbon receptor pathway associates with craniofacial polymorphism in sympatric Arctic charr

Arnar Pálsson, 28/09/2015

Sorry this part has not been translated

Minning um taugalíffræðingin Oliver Sacks

Arnar Pálsson, 28/09/2015

Undir lok ágústmánaðar lést taugalíffræðingurinn Oliver Sacks.

Við rituðum stutta minningargrein og kynningu á honum á blogginu - Oliver Sacks taugalíffræðingur og sagnamaður er fallinn frá.

Í kjölfarið bauð Þorgerður E. Sigurðardóttir í Víðsjá okkur til viðtals, sem hún nýtti í þátt um bækur hans, sjúklinga og líf.

---------

Víðsjá - Oliver SacksVíðsjá dagsins verður helguð breska taugafræðingnum og rithöfundinum Oliver Sacks sem féll frá 30. ágúst síðastliðinn. Í þættinum verður rætt um æviferil, rannsóknir og vísindamiðlun Sacks en bækur hans um mannsheilann hafa vakið mikla athygli og verið umskrifaðar bæði fyrir kvikmyndir og leikhús. Viðmælendur í þættinum eru Magnús Karl Magnússon læknir og deildarforseti læknadeildar Háskóla Íslands, Gunnþórunn Guðmundsdóttir bókmenntafræðingur og Arnar Pálsson erfðafræðingur. Í þættinum heyrast lestrar Illuga Jökulssonar úr skrifum Sacks sem að hljómuðu í þættinum Frjálsar hendur árið 1988. Tónlistin í þættinum er úr óperunni The man who mistook his wife for a hat eftir Michael Nyman og Vel stillta hljómborðinu eftir Johann Sebastian Bach.

--------

Þorgerður sagði mér reyndar að það væri ótrúlega lítið til í safni útvarpsins um verk Sacks og skrif. Það er ansi merkilegt því hann er tvímælalaust merkur fræðari, og bækur hans hafa fengist í bókabúðum hérlendis um áratugabil. Reyndar er það þannig að bækur hans finnast í vísindahillum allra betri bókabúða erlendis.

Ég mæli eindregið með umfjöllun Víðsjár, og sérstaklega því að þú farir út í bókabúð (eða á bókanetverslun) og náir í bók eftir Sacks.

http://www.oliversacks.com/